Стандартные библиотеки «прыжков». Типы «прыжков»

Материалы » Прыжки по хромосоме » Стандартные библиотеки «прыжков». Типы «прыжков»

Следует разграничить понятия стандартных геномных библиотек для «прыжков по хромосоме» и специфических библиотек. В первом случае библиотеки создаются таким образом, что начинать движение вдоль хромосомы отмеренными прыжками можно в принципе с любой точки генома. Специфические библиотеки состоят из клонов, позволяющих осуществлять прыжки от одного редко встречающегося сайта рестрикции, например Notl, к последующему такому же сайту. Типы прыжков схематически изображены на рис. 3. Очевидно, что способы создания этих библиотек несколько различаются. С технической точки зрения труднее получать библиотеки первого типа, так как они должны содержать репрезентативную выборку последовательностей генома. Обычно для такой библиотеки требуется 3*108 клонов. Тогда можно быть твердо уверенным, что с ней можно работать, начиная от любой стартовой точки на хромосоме.

Для создания же полных специфических библиотек требуется всего лишь 10000-20000 клонов, так как количество независимых клонов эквивалентно числу рестрикционных фрагментов, полученных при использовании данного фермента рестрикции. Так, например, для рестриктазы Notl, которая отщепляет приблизительно по 1000 т. п.н. в геноме человека, таких фрагментов должно быть всего лишь около 3000. Поэтому библиотеку из 10000 клонов для прыжков по Not сайтам можно считать практически полной. Очевидным недостатком таких библиотек является то, что их нельзя использовать, когда стартовая точка прыжка не примыкает к редко встречающемуся сайту рестрикции. К сожалению, это довольно частое явление, препятствующее быстрому распространению данного метода. Если же все-таки удается идентифицировать клон, примыкающий к редко встречающемуся сайту рестрикции, использование специфических библиотек для «прыжков по хромосоме» может оказать неоценимую помощь.

Очень эффективным могло бы оказаться создание геномной библиотеки третьего типа, имеющей в своем составе клоны, соединяющие редко встречающиеся сайты рестрикции с прилегающими случайными последовательностями ДНК генома. Имея такую библиотеку, мы могли бы начинать движение по хромосоме с любой стартовой точки, а при встрече с редким сайтом рестрикции пускать в ход специфическую геномную библиотеку. К сожалению, пока эта задача не решена и подходы к ее решению здесь обсуждаться не будут.


Популярные статьи:

Периодизация индивидуального развития (онтогенеза)
Онтогенез - комплекс последовательных преобразований организма, начиная со стадии оплодотворения яйцеклетки и до окончания жизненного цикла. Пифагор (VI в. до н.э.) выделял 4 периода человеческой жизни: весну (до 20 лет), лето (20-40 лет ...

Назовите ответственные этапы в развитии человека
Индивидуальное развитие человека Рост развития человеческого организма На процессы роста и развития оказывает влияние большое число самых разнообразных эндо - и экзогенных факторов. "Рост" и "развитие" обычно употреб ...

Предвозбуждение, дедукция и индукция, умозаключение
Для более ясного понимания того, как реализуется индукция и дедукция при помощи нейронов, создадим небольшую схему. Возьмем для нее следующие группа нейронов: две группы нейронов реагирующих на свет (синий и красный), две группы нейронов ...