Принцип создания стандартных библиотек

Основная стратегия метода «прыжков по хромосоме» состоит в получении кольцевых формул очень крупных фрагментов ДНК путем лигирования их при большом разбавлении. Образование колец позволяет физически сблизить участки ДНК, расположенные в геноме на значительном расстоянии друг от друга. Селективное клонирование таких соединенных фрагментов в стандартные векторы позволяет затем получить геномную библиотеку клонов – «прыжков». Эта стратегия применительно к стандартным библиотекам схематически изображена на рис. 4.

Прежде чем приступить к созданию библиотеки, следует ответить на несколько важных вопросов.

1. Какой размер прыжка желателен? Известно, что размер прыжка определяется размером частично гидролизованных молекул ДНК. Как будет показано ниже, сложность построения библиотеки возрастает в степени 3/2 с увеличением размера прыжка.

2. Какой использовать фермент? В идеальном случае хотелось бы иметь совершенно случайный набор фрагментов ДНК.

3. Какой источник ДНК использовать? Для оптимальной реализации библиотеки при наличии самых разнообразных стартовых зондов было бы предпочтительнее использовать источник ДНК, представляющей весь геном организма, например периферические лимфоциты донорской крови в случае геномных библиотек человека. Если же предполагается исследование специфической хромосомы, лучше работать с гибридными соматическими клетками, содержащими именно эту хромосому на известном фоне хромосом других видов. Преимущество такой стратегии в том, что она позволяет сразу определить принципиальную ценность клона, полученного при помощи имеющейся библиотеки, путем простой проверки клонированного фрагмента на его принадлежность интересующей хромосоме.

Популярные статьи:

Современные и ископаемые приматы (до гоминид) и тенденции их эволюции
Основные особенности приматов - Пятипалая хватающая конечность - Замена когтей ногтями - Способность к вращательным движениям в локтевом суставе (пронации, супинации) - Значительный объем движений плеча - Увеличение головного мозга ...

Трансформация кристаллов при переносе из водной среды в воздушную
Структура простых химических веществ также изменяется при переносе в среды с различным содержанием воды. Детально изученный пример такого рода – снежинки. По мере перемещения снежинок из воздуха в тучу, а затем снова в воздух форма криста ...

Метаболизм флавоноидов в организме животных
Всасывание этих соединений в желудочно-кишечном тракте варьирует в зависимости от их структуры и может изменяться в широких пределах (по некоторым данным от 4% до 60%). В растительном сырье и пищевых продуктах флавоноиды находятся в основ ...