Принцип создания стандартных библиотек

Основная стратегия метода «прыжков по хромосоме» состоит в получении кольцевых формул очень крупных фрагментов ДНК путем лигирования их при большом разбавлении. Образование колец позволяет физически сблизить участки ДНК, расположенные в геноме на значительном расстоянии друг от друга. Селективное клонирование таких соединенных фрагментов в стандартные векторы позволяет затем получить геномную библиотеку клонов – «прыжков». Эта стратегия применительно к стандартным библиотекам схематически изображена на рис. 4.

Прежде чем приступить к созданию библиотеки, следует ответить на несколько важных вопросов.

1. Какой размер прыжка желателен? Известно, что размер прыжка определяется размером частично гидролизованных молекул ДНК. Как будет показано ниже, сложность построения библиотеки возрастает в степени 3/2 с увеличением размера прыжка.

2. Какой использовать фермент? В идеальном случае хотелось бы иметь совершенно случайный набор фрагментов ДНК.

3. Какой источник ДНК использовать? Для оптимальной реализации библиотеки при наличии самых разнообразных стартовых зондов было бы предпочтительнее использовать источник ДНК, представляющей весь геном организма, например периферические лимфоциты донорской крови в случае геномных библиотек человека. Если же предполагается исследование специфической хромосомы, лучше работать с гибридными соматическими клетками, содержащими именно эту хромосому на известном фоне хромосом других видов. Преимущество такой стратегии в том, что она позволяет сразу определить принципиальную ценность клона, полученного при помощи имеющейся библиотеки, путем простой проверки клонированного фрагмента на его принадлежность интересующей хромосоме.

Популярные статьи:

История открытия динозавров
Вероятно, археологи были потрясены, когда обнаружили при раскопках громадные кости динозавров. Теперь мы знаем: многие ящеры были безобидными животными гигантских размеров, которые мирно жили в лесах, питаясь травой. Некоторые динозавры б ...

Генетические процессы
От поколения к поколению ДНК человека вовлекается в разнообразные генетические процессы: 1. Мутационный процесс, непосредственно изменяющий структуру ДНК. 2. Миграция генов - их отток или приток из других популяций. 3. Дрейф генов - сл ...

Собственные наблюдения
За перепелами наблюдали в мае месяце и с августа по октябрь 2009 года в Благовещенском охотхозяйстве. Перепелов встречали на соевых, ячменных полях, на полях с бахчевыми культурами, сухих и сырых лугах. Перепел сидит крепко в траве и взл ...